Akseki’nin Sülles (Güzelsu) nahiyesinde doğdu. Babası Güzelsu Camii imamı Mahmud Efendi’dir. Beş altı yaşlarında iken Kurʾan okumaya başladı. İlk Arapça derslerini nahiyedeki iki medreseden biri olan Mecidiye Medresesi’nde Abdurrahman Efendi’den aldı. On dört yaşına geldiğinde babası onu Ödemiş’e götürerek Karamanlı Süleyman Efendi Medresesi’ne verdi. Orada Gerçekli İsmâil Hasib Efendi ile Aksekili Hacı Mustafa Efendi’den medrese öğreniminde temel derslerden olan Arapça, Farsça, akaid, fıkıh, tefsir ve hadis dersleri okudu. Tahsili müddetince bir yandan da mühür kazıyarak geçimini sağladı.

1905’te İstanbul’a giderek Fâtih dersiâmlarından Bayındırlı Mehmed Şükrü Efendi’nin derslerine devam etti ve 1914’te ondan icâzet aldı. Bu arada o dönemin ünlü dersiâmlarından olan Tokatlı Hacı Şâkir Efendi ile Aksekili Hacı Mustafa Hakkı Efendi’den özel dersler aldı. Ayrıca Mehmed Âkif’ten Muʿallaḳāt-ı Sebʿa başta olmak üzere Arap edebiyatı ile ilgili bazı metinler okudu. Bir taraftan medrese tahsilini sürdürürken diğer taraftan da Dârülfünun’un Ulûm-i Âliye-i Dîniyye Şubesi’ne girdi. Dördüncü sınıfa geçtiğinde bu fakültenin lağvedilmesi üzerine Dârü’l-hilâfeti’l-aliyye Medresesi’nin yüksek kısmına nakledildi ve son sınıfı burada okuyarak icâzet aldı. Daha sonra Medresetü’l-mütehassısîn’in Felsefe, Kelâm ve Hikmet-i İlâhiyye Şubesi’ne girdi. Buradan birincilikle mezun oldu. Ruûs imtihanını kazanarak dersiâm olduğu sırada otuz iki yaşındaydı.

1908’den sonra yazı hayatına başlayan Ahmet Hamdi Akseki’nin bazı makaleleri Beyrut ve Mısır gazetelerince iktibas edildi. Balkan Harbi’nden önce Sebîlürreşâd mecmuasının Bulgaristan ve Romanya muhabirliğini yapan Akseki, Bulgaristan’ı dolaşarak müslümanları irşad etti ve intibalarını Bulgaristan Mektupları adı altında bu mecmuada neşretti. Medresetü’l-mütehassısîn’in son sınıfında iken Heybeliada’daki Mekteb-i Bahriyye-i Şâhâne’ye din dersleri, din felsefesi ve ahlâk dersleri hocası olarak tayin edildi (Mart 1916). Aralık 1916 Kasım 1918 tarihleri arasında muhtelif zamanlarda Aksaray Pertevniyal Vâlide Sultan, Dolmabahçe, Üsküdar Mihrimah Sultan ve Hırka-i Saʿâdet camileri kürsü şeyhliklerinde bulundu. Ağustos 1919’da Medresetü’l-irşâd’ın Vâizîn Şubesi tarih felsefesi müderrisliğine, Şubat 1921’de İbtidâ-i Dâhil Medresesi ilm-i nefs müderrisliğine tayin edildi ve aynı yıl eylül ayında bu görevi içtimaiyat müderrisliğine çevrildi.

Millî Mücadele için Anadolu’ya geçen Ahmet Hamdi yazı, vaaz ve konferanslarıyla Anadolu harekâtını desteklemiştir. Ocak 1922 - Kasım 1923 tarihleri arasında Ankara Lisesi ulûm-i dîniyye muallimliği yaptı. Bu görevi yürütürken Umûr-ı Şer‘iyye ve Evkaf Vekâleti Tedrisat Umum Müdürlüğü’ne tayin edildi (Mart 1922). Bu sırada medreselerin müfredat programlarını ıslah etmiş, hazırladığı rapor ve lâyihalar ile Dârülhilâfe medreselerinin sayısı on üçten otuz sekize çıkarılmıştır. Şer‘iyye Vekâleti’nin ilgası üzerine Dârülfünun İlâhiyat Fakültesi hadis ve hadis tarihi müderrisliğine getirildiyse de (Nisan 1924), aynı tarihte Diyanet İşleri Reisi Rifat Börekçi’nin isteği üzerine, Diyanet İşleri Reisliği Hey’et-i Müşâvere âzalığına tayin edildi. Bu görevi sırasında Elmalılı Hamdi Yazır’ın Hak Dini Kur’an Dili adlı tefsiri ile Sahîh-i Buhârî Muhtasarı Tecrîd-i Sarîh Tercemesi ve Şerhi’nin yayıma hazırlanmasında büyük hizmet gördü. 1920 yılında kurulan Tarîkat-ı Salâhiyye Cemiyeti’nin üyesi olduğu ve bu cemiyetin faaliyetlerine katıldığı ithamıyla 1925’te Ankara İstiklâl Mahkemesi’nde yargılandı. Cemiyetle ilgisi bulunan on bir kişinin idama, birçoğunun da ağır hapse mahkûm edildiği mahkemede suçsuz bulunarak beraat etti. 1939’da Diyanet İşleri reis muavinliğine ve M. Şerefettin Yaltkaya’nın ölümü üzerine 1947’de Diyanet İşleri reisliğine getirildi. Bu vazifede iken 9 Ocak 1951 tarihinde Ankara’da vefat etti ve Cebeci Asrî Mezarlığı’na defnedildi.

Eserleri. 1. Ruh ve Bekā-yı Ruh. 2. İslâm Dîni. 3. Peygamberimizin Vecizeleri. 4. Mezâhibin Telfîki ve İslâm’ın Bir Noktaya Cem‘i.

Bir kısmı defalarca basılan diğer eserleri de şunlardır: Dinî Dersler (I-III, İstanbul 1339-1341); İslâm Dîni Fıtrîdir (İstanbul 1341, 1966); İslâm Dîni Tabiî ve Umumî Bir Dindir (I-IV, I. cilt İstanbul 1943, 1966; II. cilt Ankara 1981); Ahlâk Dersleri (İstanbul 1924, 1968); Askere Din Kitabı (Ankara 1924, 1945, 1980, 1982); Yavrularımıza Din Dersleri (İstanbul 1941, 1948, 1968); Köylüye Din Dersleri (İstanbul 1928); Düşmana Karşı (1979); Yeni Hutbelerim (İstanbul 1936, 1937, 1966); Ve’l-asr Suresinin Tefsiri (İstanbul 1928).

Ahmet Hamdi Akseki’nin yayımlanmamış olan eserleri de şunlardır: Namaz ve Kur’an; Kur’ân-ı Kerîm Radyo ve Gramofon; İslâm’da Resim ve Sûretin Mâhiyeti; Hızır Hakkında; Kudret-i İlâhiyye ve İrâde-i Cüz’iyye; İhlâs Sûresi Tefsiri; Ölüm Nedir; Ahlâkî Umdeler; Terâvih Namazı; Kurban Nisabı; İbn Sînâ Felsefesi ve Tâcü’l-ʿarûs ile Refʿu’l-melâm tercümeleri. (Bkz. Süleyman Hayri Bolay, Akseki, Ahmet Hamdi, TDV İslam Ans., c. 2, s. 293-295)